Алуштинский аквариум открыт в 2003 году. В то время посетителям были представлены обитатели Черного и Азовского морей в единственном зале музея. Здесь можно было увидеть морскую корову, ерша, конька, кота, мечехвоста, рыбу-прилипало, султанку и других подводных обитателей.
Коллекция постоянно пополнялась новыми экспонатами и обитателями.
В 2005 году открыты еще три зала. В двух залах представлены пресноводные рыбы различных водоемов планеты: кровожадные пираньи наттерера, тропический змееголов, который дышит атмосферным воздухом, африканский двоякодышащий протоптерус, на время засухи зарывающийся в ил и спящий до первых дождей.
В Алуштинском аквариуме можно увидеть множество огромных сомов, пресноводных скатов, индийскую рыбу-нож, панцирных щук и других экзотических представителей подводного мира. Здесь же разместились черепахи и крокодилы, которых разрешается кормить.
В четвертом зале собрана удивительная коллекция рыб Красного моря и бассейнов Индийского и Тихого океанов. Причудливость и разнообразие форм, пестрота и яркость красок обитателей коралловых рифов этого зала приводят в восторг посетителей.
Интересно понаблюдать за грациозными движениями опасной крылатки, несколькими видами мурен, в том числе и «медовой», рифовыми акулами, морской черепахой и рыбками из любимого детского мультфильма «В поисках Немо».
Дополняет экспозицию коллекция редких морских раковин и кораллов, которая стала основой музея подводного мира.