Исследователи из EMBL-EBI были в числе лидеров крупного международного консорциума, который провел совместный анализ данных от более чем 1000 доноров с более чем 25 типами рака, изучая данные об их целых геномах наряду с данными транскриптома опухоли, которые указывают на гены, которые активны в опухоли. Эти данные представляют собой крупнейший на сегодняшний день сравнительный ресурс раковых специфических изменений РНК, сопоставленных с данными секвенирования всего генома.
Рак – это заболевание, вызванное мутациями, возникающими в нашей ДНК, вызванными факторами окружающей среды или старением. Менее изучено, как эти изменения в геноме изменяют нашу РНК. Необходимы дополнительные исследования, чтобы понять, какие из изменений в РНК являются следствием мутаций, а какие способствуют прогрессированию рака .
Это исследование было опубликовано в журнале Nature как часть международного сотрудничества более 1300 ученых, известных как пан-раковый анализ всего генома (PCAWG). В этом исследовании приняли участие более 10 исследовательских групп в рамках более крупного проекта «Пан-рак», целью которого было разработать наиболее полный каталог изменений РНК при раке, включая экспрессию транскрипта, сплайсинг, альтернативную активность промотора и слияния.
Изменения РНК при раке
Различия в экспрессии РНК, сплайсинга и вариации изоформ связаны со многими типами рака. Здесь исследователи использовали транскриптомное профилирование для анализа специфических для рака изменений, обнаруженных в РНК опухоли. Исходя из этого, они определили множество разнообразных и недооцененных механизмов изменения генома рака, которые еще предстоит выявить только с помощью анализа ДНК.
«Хотя рак вызывается изменениями в ДНК организма, эти изменения также проявляются через РНК», – говорит Элвис Бразма, старший руководитель группы функциональной геномики и старший научный сотрудник EMBL-EBI. «Мы показали, что часто легче обнаружить важные изменения ДНК, глядя на РНК».
Специфичные для рака слияния
«Мы обнаружили сотни изменений в геноме рака, которые мы могли бы связать с другими молекулярными изменениями, происходящими в клетке», – говорит Бразма. «Некоторыми из наиболее интересных были гены химер , в которых часть одного гена слита с частью другого. Мы смогли построить классификацию того, как эти гены химер возникают при раке».
Известно, что слияние генов играет важную роль в возникновении рака и может быть использовано для диагностики заболеваний. Это исследование представляет собой первый сравнительный анализ слияний генов и РНК в большой коллекции наборов данных опухолей. Исследователи смогли определить более 2000 новых раковых -специфический гена фьюжн, 78 из которых оказались более чем один раз. Эти данные слияния свободно доступны для загрузки из Synapse.