24 января 2020 года министерство здравоохранения Франции подтвердило первые три случая заболевания пациентов с коронавирусом Ухань. 29 января 2020 года Институт Пастера, который отвечает за мониторинг респираторных вирусов во Франции, секвенировал весь геном коронавируса, известный как «2019-nCoV», став первым учреждением в Европе, которое организовало последовательность вирусов с начала вспышка. Вирус был секвенирован во Взаимной платформе микробиологии Института Пастера (P2M), которая выполняет секвенирование генома на бактериальных, вирусных, грибковых и паразитных штаммах, полученных Национальными справочными центрами и Сотрудничающими центрами Всемирной организации здравоохранения для наблюдения за инфекционными заболеваниями.
В декабре 2019 г. вспышка явно вирусной пневмонии неизвестной этиологии возникла в городе Ухань в китайской провинции Хубэй.
9 января 2020 года органы здравоохранения Китая и Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявили об открытии нового коронавируса, известного как 2019-нКоВ, который был подтвержден в качестве агента, ответственного за случаи пневмонии (см. Информационный бюллетень Института Пастера). на странице “Уханский коронавирус” (на французском языке).
В выходные 11-12 января китайские власти представили полную последовательность генома коронавируса, обнаруженную в образцах, взятых у первых пациентов. «Определение последовательности генома патогенных микроорганизмов имеет решающее значение для разработки специальных диагностических тестов и определения потенциальных вариантов лечения», – объясняет Сильви ван дер Верф, директор Национального референс-центра (CNR) по респираторным вирусам в Институте Пастера.
Пятница, 24 января 2020 года. Подтверждение обнаружения вируса во Франции
В пятницу 24 января поздно утром Институт Пастера получил образцы трех подозреваемых случаев (два пациента в Париже и один в Бордо). «Используя образцы, взятые у этих пациентов, мы обнаружили новый коронавирус», – говорит Сильви Бехиллил, заместитель директора CNR Института Пастера.
С пятницы 24 января 2020 года. Вирусный геном секвенирован в Институте Пастера
В тот же вечер пятницы ученые запустили процесс секвенирования вирусного генома на основе образцов. CNR подготовил материал для секвенирования, готовый к P2M, чтобы начать работу немедленно в следующий понедельник. Секвенирование было завершено ранним вечером во вторник, и ученые использовали анализ данных для получения последовательности всего генома в двух из первых трех подтвержденных случаев во Франции. «Это доказывает эффективность процесса анализа CNR, основанного на вирусном секвенировании», – продолжает Винсент Энуф.
Четверг, 30 января 2020 года. Институт Пастера получает и распространяет всю последовательность вируса
Платформа P2M (см. Вставку ниже) в настоящее время работает на очень высоком уровне; среднее время, затрачиваемое на создание последовательностей, варьируется от трех дней (для экстренных случаев) до максимум десяти дней. В этом случае для определения всей последовательности потребовалось всего три дня: «Мы провели анализ данных ночью со вторника на среду, а затем подтвердили результаты в среду с помощью контр-анализа», – объясняет Винсент Энуф. «Вся последовательность была подтверждена всего за три дня».
Что мы можем извлечь из этого? «Последовательности были идентичны во всех наших образцах. Один член пары, должно быть, заразил другого, так как вирус один и тот же». Две полные последовательности вируса, выделенного в двух первых французских случаях, были представлены Глобальной инициативе по обмену всеми данными о гриппе (GISAID) 1, которая первоначально была разработана для совместного использования последовательностей и мониторинга генетической эволюции вирусов гриппа. это жизненно важно для определения состава вакцины против гриппа. Специальная вкладка «коронавирус» была создана для того, чтобы научное сообщество могло работать вместе и развиваться быстрее.
«Во всем мире было получено около двадцати других последовательностей нового генома коронавируса, и если мы сравним их с нашими, мы увидим, что все они очень близки; анализируемых вирусов не так много, что свидетельствует о том, что коронавирус 2019-nCoV не нужно было мутировать, чтобы адаптироваться и распространяться », – продолжает Винсент Энуф.
Национальный справочный центр (CNR) по респираторным вирусам при Институте Пастера в Париже является одной из референс-лабораторий ВОЗ по коронавирусу 2019-nCoV.
В общей сложности восемь человек из CNR и двое из платформы секвенирования P2M работали над вирусом на этой неделе и будут продолжать следить за вспышкой во Франции.
P2M, современная взаимная платформа для микробиологии, также открытая для внешних CNR
P2M также доступен для внешних CNR для секвенирования. В 2019 году он работал с четырьмя CNR, базирующимися за пределами Института Пастера. Платформа последовательности бактерий, вирусов, паразитов и грибов. Благодаря опыту, накопленному за последние пять лет (с 2015 года), сегодня P2M предлагает высокоэффективную услугу, о чем свидетельствует показатель успешности первого прохода (т. Е. Высококачественная последовательность, предоставляющая исчерпывающую информацию обо всем геноме ) более 95 % в 2019 году. Производство последовательности занимает от трех дней (для экстренных случаев) до максимум десяти дней.
В 2019 году P2M секвенировал около 25 000 патогенов. Секвенирование генома увеличивает порог чувствительности для обнаружения вспышки. Раннее выявление вспышек учеными Института Пастера (кластерные случаи за короткий промежуток времени, вызванные одним и тем же патогеном) позволяет эпидемиологам немедленно приступить к работе, чтобы определить происхождение вспышки, а властям – координировать ответные меры общественного здравоохранения.