Красноперекопск основан в 1932 году как промышленный поселок при заводе по производству брома. Статус города имеет с 1966 года.
Не следует путать город Красноперекопск с историческим городом Перекоп, который после разрушений во время Гражданской Войны превратился в небольшое село и находится в 25 км к северу от Красноперекопска.