Новые опухолевые мутации обнаружены в недостаточно исследованных областях генома рака

В беспрецедентном пан-раковом анализе целых геномов исследователи из Института онкологических исследований Онтарио (OICR) обнаружили новые области некодирующей ДНК, которые при изменении могут привести к росту и прогрессированию рака.

Исследование, опубликованное сегодня в « Молекулярной клетке» , раскрывает новые механизмы прогрессирования заболевания, которые могут привести к новым направлениям исследований и, в конечном итоге, к улучшению диагностических тестов и точной терапии.

Хотя предыдущие исследования были сосредоточены на двух процентах генома, который кодирует белки, известных как гены, в этом исследовании были проанализированы паттерны мутаций в обширных некодирующих областях человеческой ДНК, которые контролируют, как и когда активируются гены.

«Мутации, вызывающие рак, являются относительно редкими в этих больших некодирующих областях, которые часто находятся далеко от генов, что создает серьезные проблемы для систематического анализа данных», – говорит д-р Юри Рейманд, исследователь OICR и ведущий автор исследования.

«Опираясь на новые статистические инструменты и данные о секвенировании всего генома от более чем 1800 пациентов, мы нашли доказательства новых молекулярных механизмов, которые могут вызывать рак и вызывать более агрессивные опухоли».

Исследовательская группа проанализировала более 100 000 участков генома каждого пациента, сосредоточив внимание на часто пропускаемых некодирующих областях, которые взаимодействуют с генами через трехмерный геном. Было предсказано, что одна из 30 обнаруженных ключевых областей сыграет значительную роль в регуляции известного противоопухолевого гена в раковых клетках , несмотря на то, что расстояние между геном в геноме составляет более 250 000 пар оснований. Группа выполнила эксперименты по редактированию генома CRISPR-Cas9 и функциональные эксперименты на клеточных линиях человека, чтобы исследовать свойства, способствующие развитию рака, в этой некодирующей области .

«Мы охарактеризовали несколько некодирующих областей, потенциально вовлеченных в онкогенез, но мы только что поцарапали поверхность», – говорит Рейманд. «Благодаря нашим алгоритмам и быстро растущим наборам данных геномов и эпигенетических профилей рака у пациентов, мы с нетерпением ждем возможности открытий в будущем, которые могут привести к новым способам прогнозирования развития рака у пациента и, в конечном итоге, новым способам нацеливания на болезнь пациента или ее диагностики. точнее.”

Исследовательская группа Рейманда разработала статистические методы, лежащие в основе этого исследования, и сделала их свободно доступными для использования исследовательским сообществом . Эти методы были тщательно протестированы с другими алгоритмами со всего мира.

«Изучение некодирующего генома действительно важно, потому что эти обширные разделы регулируют наши гены и могут включать и выключать их. Мутации в этих регионах могут вызывать ненормальное действие этих регуляторных переключателей и потенциально вызывать – или прогрессировать – рак», – говорит Хелен Чжу, студентка OICR и соавтор исследования. «Мы показали, что наш метод, называемый ActiveDriverWGS, может раскопать эти регионы и определить конкретные области, которые важны для роста рака».

«Хотя эти потенциальные мутации драйвера редки, у нас теперь есть первые экспериментальные доказательства того, что один из мутированных регионов регулирует генные и пути рака в клеточных линиях человека», – говорит д-р Лиис Уускюла-Рейманд, научный сотрудник Больницы для больных детей ( SickKids) и один из первых авторов исследования. «По мере того, как исследовательское сообщество собирает больше данных, мы планируем глубже изучить эти регионы, чтобы понять, как мутации изменяют регуляцию генов и архитектуру хроматина при определенных типах рака, чтобы обеспечить разработку новых высокоточных методов лечения пациентов с этими заболеваниями».

Понравилась статья? Поделиться с друзьями:
Варикоз: симптомы, лечение и профилактика заболевания
Добавить комментарий

;-) :| :x :twisted: :smile: :shock: :sad: :roll: :razz: :oops: :o :mrgreen: :lol: :idea: :grin: :evil: :cry: :cool: :arrow: :???: :?: :!:

Adblock
detector